امنیت در دیتاسنترها اهمیت بالایی دارد، زیرا این مراکز اطلاعات حساس و حیاتی سازمان‌ها را ذخیره می‌کنند. هرگونه نقص امنیتی می‌تواند منجر به از دست رفتن داده‌ها یا حملات سایبری شود. امنیت در دیتاسنترها از طریق لایه‌های مختلف تأمین می‌شود، شامل اقدامات فیزیکی (مانند کنترل دسترسی و دوربین‌های نظارتی)، امنیت شبکه (مثل فایروال‌ها و پروتکل‌های رمزنگاری)، و امنیت نرم‌افزاری (مانند سیستم‌های تشخیص نفوذ و نرم‌افزارهای ضدبدافزار). همچنین، استفاده از استانداردهای امنیتی بین‌المللی و بروزرسانی منظم زیرساخت‌ها از دیگر روش‌های تقویت امنیت در دیتاسنترها است.

دیتاسنترهای سنتی معمولاً به صورت فیزیکی در محل سازمان‌ها نصب می‌شوند و نیازمند تجهیزات و زیرساخت‌های اختصاصی هستند. مدیریت این مراکز بر عهده خود سازمان است و هزینه‌های اولیه زیادی برای خرید و نگهداری تجهیزات دارند. در مقابل، دیتاسنترهای ابری توسط ارائه‌دهندگان خدمات ابری مدیریت می‌شوند و کاربران می‌توانند به صورت اشتراکی از منابع آن‌ها استفاده کنند. در مدل ابری، هزینه‌ها بر اساس مصرف محاسبه می‌شود و انعطاف‌پذیری بیشتری در افزایش یا کاهش منابع وجود دارد. این تفاوت‌ها باعث شده است دیتاسنترهای ابری گزینه‌ای محبوب برای سازمان‌های مدرن باشند.